Пакет: pdb2pqr (2.1.1+dfsg-8)

Връзки за pdb2pqr

Ресурси за Trisquel:

Изтегляне на пакет-източник pdb2pqr.

Отговорник:

Debian Med Packaging Team (Пощенски архив)

Original Maintainers:

Debian Med Packaging Team (Пощенски архив)
Steffen Moeller
Manuel Prinz
Andreas Tille

Външни препратки:

Начална страница [www.poissonboltzmann.org]

Подобни пакети:

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Други пакети, свързани с pdb2pqr

зависимости

препоръчани

предложени

dep: libc6 (>= 2.29)

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не armhf]

GCC support library

dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
dep: libstdc++6 (>= 11)

GNU Standard C++ Library v3
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.11)

dep: python3 (>= 3.10~)
dep: python3-networkx

tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)
dep: python3-numpy

Fast array facility to the Python 3 language

sug: apbs

Adaptive Poisson Boltzmann Solver

enh: autodocktools

Пакетът не е наличен

Изтегляне на pdb2pqr

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	403,5 кБ	2879 кБ	[списък на файловете]
arm64	399,2 кБ	2873 кБ	[списък на файловете]
armhf	391,1 кБ	2717 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	406,4 кБ	3105 кБ	[списък на файловете]

Sections