Paquet : python3-pairtools (0.3.0-3.2build1)

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Responsable :

Debian Med Packaging Team (Archive du courrier électronique)

Original Maintainers:

Debian Med Packaging Team (Archive du courrier électronique)
Antoni Villalonga

Ressources externes :

Page d'accueil [github.com]

Paquets similaires :

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Autres paquets associés à python3-pairtools

dépendances

recommandations

suggestions

dep: cython3

C-Extensions for Python 3
dep: libc6 (>= 2.14)

GNU C Library: Shared libraries
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
dep: python3

interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

dep: python3 (<< 3.11)

dep: python3 (>= 3.10~)
dep: python3-click

Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
dep: python3-nose

test discovery and running for Python3 unittest
dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

Fast array facility to the Python 3 language
dep: python3-numpy-abi9

paquet virtuel fourni par python3-numpy

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