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パッケージ: pal2nal (14.1-3)

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pal2nal

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類似のパッケージ:

converts proteins to genomic DNA alignment

PAL2NAL is a program that converts a multiple sequence alignment of proteins and the corresponding DNA (or mRNA) sequences into a codon-based DNA alignment. The program automatically assigns the corresponding codon sequence even if the input DNA sequence has mismatches with the input protein sequence, or contains UTRs, polyA tails. It can also deal with frame shifts in the input alignment, which is suitable for the analysis of pseudogenes. The resulting codon-based DNA alignment can further be subjected to the calculation of synonymous (Ks) and non-synonymous (Ka) substitution rates.

その他の pal2nal 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • rec: paml
    Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)

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