Skip to content
Sections
>> Trisquel >> パッケージ >> etiona >> perl >> libbio-samtools-perl
etiona  ] [  nabia  ] [  nabia-updates  ] [  aramo  ] [  aramo-updates  ]
[ ソース: libbio-samtools-perl  ]

パッケージ: libbio-samtools-perl (1.43-1build3)

Perl interface to SamTools library for DNA sequencing

Bio::SamTools provides a Perl interface to the libbam library for indexed and unindexed SAM/BAM sequence alignment databases. It provides support for retrieving information on individual alignments, read pairs, and alignment coverage information across large regions. It also provides callback functionality for calling SNPs and performing other base-by-base functions. Most operations are compatible with the BioPerl Bio::SeqFeatureI interface, allowing BAM files to be used as a backend to the GBrowse genome browser application.

その他の libbio-samtools-perl 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libbio-perl-perl
    BioPerl core perl modules
  • dep: libc6 (>= 2.15)
    GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
  • dep: perl (>= 5.26.1-2ubuntu1)
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
  • dep: perlapi-5.26.1
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
    compression library - runtime
  • enh: gbrowse
    GMOD Generic Genome Browser
  • enh: samtools
    processing sequence alignments in SAM and BAM formats

libbio-samtools-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 185.9 kB615 kB [ファイル一覧]
i386 198.4 kB676 kB [ファイル一覧]