Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Pakiety >> nabia-updates >> perl >> libbio-samtools-perl
etiona  ] [  nabia  ] [  nabia-updates  ] [  aramo  ] [  aramo-updates  ]
[ Pakiet źródłowy: libbio-samtools-perl  ]

Pakiet: libbio-samtools-perl (1.43-2build2)

Perl interface to SamTools library for DNA sequencing

Bio::SamTools provides a Perl interface to the libbam library for indexed and unindexed SAM/BAM sequence alignment databases. It provides support for retrieving information on individual alignments, read pairs, and alignment coverage information across large regions. It also provides callback functionality for calling SNPs and performing other base-by-base functions. Most operations are compatible with the BioPerl Bio::SeqFeatureI interface, allowing BAM files to be used as a backend to the GBrowse genome browser application.

Inne pakiety związane z libbio-samtools-perl

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • dep: libbio-perl-perl
    BioPerl core perl modules
  • dep: libc6 (>= 2.15)
    GNU C Library: Shared libraries
    również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
  • dep: perl (>= 5.30.0-9ubuntu0.2)
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
  • dep: perlapi-5.30.0
    pakiet wirtualny udostępniany przez perl-base
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
    compression library - runtime
  • enh: gbrowse
    GMOD Generic Genome Browser
  • enh: samtools
    processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Pobieranie libbio-samtools-perl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 188,1 KiB630 KiB [lista plików]
armhf 171,0 KiB484 KiB [lista plików]