Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Balíky >> etiona >> science >> barrnap
[  etiona  ] [  nabia  ] [  aramo  ]
[ Zdroj: barrnap  ]

Balík: barrnap (0.8+dfsg-2)

Odkazy pre barrnap

barrnap

Zdroje Trisquel:

Stiahnuť zdrojový balík barrnap:

Správca:

Original Maintainers:

  • Debian Med Packaging Team (Konferencia)
  • Sascha Steinbiss

Externé zdroje:

Podobné balíky:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom barrnap

  • závisí
  • odporúča
  • navrhuje
  • dep: hmmer (>= 3.1)
    profile hidden Markov models for protein sequence analysis
  • dep: perl
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Stiahnuť barrnap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra Veľkosť balíka Nainštalovaná veľkosť Súbory
all 154.3 kB1116 kB [zoznam súborov]