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[ Paquet source : bamclipper  ]

Paquet : bamclipper (1.0.0-2)

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments

Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments of PCR amplicons by soft-clipping.

bamclipper.sh soft-clips gene-specific primers from BAM alignment file based on genomic coordinates of primer pairs in BEDPE format.

Autres paquets associés à bamclipper

  • dépendances
  • recommandations
  • suggestions
  • dep: parallel
    build and execute command lines from standard input in parallel
  • dep: perl
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
  • dep: samtools
    processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

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Architecture Taille du paquet Espace occupé une fois installé Fichiers
all 6,0 ko29 ko [liste des fichiers]