パッケージ: barrnap (0.9+dfsg-2)

barrnap に関するリンク

Trisquel の資源:

barrnap ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

Debian Med Packaging Team (メールアーカイブ)

Original Maintainers:

Debian Med Packaging Team (メールアーカイブ)
Sascha Steinbiss

外部の資源:

ホームページ [www.vicbioinformatics.com]

類似のパッケージ:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

その他の barrnap 関連パッケージ

依存

推奨

提案

dep: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
dep: hmmer (>= 3.1)

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

barrnap のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
all	199.4 kB	1440 kB	[ファイル一覧]

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