Pakiet: barrnap (0.9+dfsg-2)

Odnośniki dla barrnap

Zasoby systemu Trisquel:

Pobieranie pakietu źródłowego barrnap:

Opiekun:

Debian Med Packaging Team (Archiwum e-mail)

Original Maintainers:

Debian Med Packaging Team (Archiwum e-mail)
Sascha Steinbiss

Zasoby zewnętrzne:

Strona internetowa [www.vicbioinformatics.com]

Podobne pakiety:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Inne pakiety związane z barrnap

wymaga

poleca

sugeruje

dep: bedtools

suite of utilities for comparing genomic features
dep: hmmer (>= 3.1)

profile hidden Markov models for protein sequence analysis
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Pobieranie barrnap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
all	199,4 KiB	1440 KiB	[lista plików]

Sections