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[ ソース: yanagiba  ]

パッケージ: yanagiba (1.0.0-5)

yanagiba に関するリンク

yanagiba

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類似のパッケージ:

filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore

Yanagiba is used to filter short or low quality Oxford Nanopore reads which have been basecalled with Albacore. It takes fastq.gz and an Albacore summary file as input. If no Albacore summary file is provided attempt to calculate mean qscore from directly from fastq file using NanoMath. Note: Calculated quality scores appear to be lower for reads called with Metrichor, you may need to lower your minqual setting in this case.

その他の yanagiba 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: python3
    interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
  • dep: python3-biopython
    Python3 library for bioinformatics
  • dep: python3-nanomath
    simple math function for other Oxford Nanopore processing scripts
  • dep: python3-pandas
    data structures for "relational" or "labeled" data

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