Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Pakiety >> aramo >> science >> ggd-utils
aramo  ]
[ Pakiet źródłowy: ggd-utils  ]

Pakiet: ggd-utils (1.0.0+ds-1)

programs for use in ggd

Takes a genome file and (currently) a .vcf.gz or a .bed.gz and checks that:

    * a .tbi is present
    * the VCF has ""##fileformat=VCF" as the first
    line
    * the VCF has a #CHROM header
    * the chromosome are in the order specified by
    the genome file (and present)
    * the positions are sorted
    * the positions are <= the chromosome lengths
    defined in the genome file.

As a result, any new genome going into GGD will have a .genome file that will dictate the sort order and presence or absence of the 'chr' prefix for chromosomes

Inne pakiety związane z ggd-utils

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • dep: libc6 (>= 2.34)
    GNU C Library: Shared libraries
    również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

Pobieranie ggd-utils

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 1 809,6 KiB4933 KiB [lista plików]
arm64 1 633,2 KiB4765 KiB [lista plików]
armhf 1 594,1 KiB4335 KiB [lista plików]
ppc64el 1 519,1 KiB4775 KiB [lista plików]